L’arrivée de Bones va permettre au triptyque de se reformer en partie à moins d’un tiers du film. Il ne manquera alors plus que Spock pour reformer la fine équipe et peut-être le lien si particulier qui s’en dégageait.
Bones était réserviste et sa venue à bord renvoie à la toute puissance de Kirk, qui bien qu’entachée par l’accident de téléporteur reste encore très présente. Dans le trio de base de
Star trek, Kirk, Spock et McCoy sont les trois facettes d’une seule et même entité de commandement. Kirk représente la témérité et le courage, McCoy la conscience et le cœur et Spock la réflexion stratégique et indirectement la tempérance. L’arrivée de Bones sera marquée par deux considérations. La première va permettre de rompre la glace et d’apporter un côté humain à l’histoire, qui faisait jusqu’alors cruellement défaut. Il est le premier à refuser de qualifier l’Entité comme une chose, au contraire de Kirk qui qualifie ainsi avec une facilité déconcertante tout ce qui est inconnu. Il concrétise également le côté faillible de Kirk qui n’hésite pas à avouer qu’il a terriblement besoin de lui. Cet aveu qui convaincra le bon docteur de remonter à bord… non sans émettre certaines réserves quant à la nouvelle infirmerie et sa nouvelle résidente.

S’en suit un nouveau passage sur l’Enterprise qui va pour la première fois à l’écran passer en vitesse Warp mais de l’extérieur et non pas seulement de la passerelle. Et comme pour marquer l’évènement, un incident va se produire permettant de démontrer le côté indispensable de Dekker mais aussi de désamorcer la crise latente entre ce dernier et Kirk à la suite d’une spatiospirale, phénomène qui ne sera plus jamais réutilisé par la suite.
On voit alors toute l’utilité morale de Bones dans l’entretien en résultant, celui-ci permettant à Kirk de se tempérer et de mener à bien une courte introspection. Kirk redevient rapidement le capitaine que l’on connaît, faillible mais sachant reconnaître ses erreurs, sans honte, sans arrière pensée. Dekker se voit alors confier le rôle de garde fou et l’accepte. L’équipage est de nouveau unifié. Ou presque.
Il ne manque plus que le dernier officier de la série classique qui effectue une arrivée assez... illogique de la part de vaisseaux vulcains mais nous vous laissons juge. Spock n’est même pas annoncé sur l’Enterprise puisque lorsque Tchekov arrive sur le plot d’embarquement, il est le premier surpris de voir débarquer son ancien supérieur qui ne se répand pas non plus en effusion de joie lorsqu’il regagne la passerelle pour se présenter à son capitaine. L’équipage l’accueille avec chaleur alors que celui-ci prétexte simplement que l’Enterprise était le seul vaisseau à se diriger vers l’Entité et qu’il n’a fait que saisir une occasion opportune. Le trio est totalement reformé, l’aventure peut enfin démarrer… alors que le film tourne depuis 45 minutes. Spock récupère son poste comme s'il lui était depuis toujours attribué, il est plus froid et distant que jamais et paradoxalement sa tenue vulcaine noire apporte une touche de gaîté inattendue sur laquelle peut se reposer l’œil fatigué du spectateur.

L’arrivée de Spock coïncide avec une explication du trio permettant d’expliquer à nouveau les motivations du Vulcain et la raison de son départ de Starfleet mais aussi pourquoi il est revenu sans prévenir... pour ne plus en partir comme il le dira en quelques mots à la fin du film. Spock a perçu les pensées de l’Entité alors que des vulcains plus expérimentés n’ont pas exprimé de doléances à ce sujet, ou plutôt n’ont pas voulu en émettre. Ce qui pose un problème de cohésion avec la série Enterprise et le background culturel vulcain en général. Les vulcains sont avant tout un peuple de scientifiques et d’explorateurs. Ce sont d’ailleurs eux qui ont permis l’expansion technologique des terriens. Comment un peuple avec une telle prédisposition a-t-il pu ignorer l’appel de l’Entité ? Est-ce la solitude émise par celle-ci qui les a découragés ? La logique a-t-elle tant pris le pas sur les autres considérations qu’il a fallu un sang mêlé à la configuration émotionnelle assez proche d’elle pour lui répondre ? L’Etendue delphique dans la saison 3 d’Enterprise avait pourtant attiré des vulcains malgré certains dangers dus aux anomalies spatiales. Comment croire qu’ils n’ont pas voulu mandater un vaisseau d’exploration pour étudier l’entité et que seul Starfleet ait dépêché un navire ? Certains argueront que Vulcain appartient à la Fédération et qu’il est logique de croire qu’à travers l’Enterprise, leurs intérêts sont également défendus et pourtant, pourquoi ne pas avoir envoyé un autre conseiller scientifique après la mort du premier ?