Alors que les Invids ont envahi la Terre, les troupes de la résistance humaine sont en constante alerte et redéployées sur la base lunaire. En mission de reconnaissance, Marcus et Alex sont deux jeunes pilotes très doués que les affrontements avec les Invids vont faire mûrir. En effet les forces expéditionnaires de Robotech ont décidé de lancer l’attaque ultime contre les Invids pour reconquérir la planète mère, aidées par un soutien au sol mené par Scott Bernard, un pilote expérimenté amoureux de la princesse Invid Ariel. Celle-ci tente sans succès de convaincre la reine de ne pas engager le conflit contre les Terriens mais un événement inattendu va faire subitement fuir les Invids de la planète Terre. Pour combattre les Invids les Terriens n’ont eu d’autres choix que de faire appel à une autre technologie extraterrestre, la technologie shadow. Une technologie destructrice qui semble mettre en danger les humains eux-mêmes…