C'est encore une fois d'un point de vue de l'interactivité que le HD-DVD montre sa supériorité. C'est d'ailleurs en raison de l'inaptitude du Blu-Ray à offrir une interactivité poussée que la trilogie est, pour le moment, une exclusivité HD-DVD. Chaque film bénéficie de la fonction propre à Warner :
L'expérience " Au coeur du film " (IME chez les américains
et en vost). Vous pourrez ainsi visionner le film tout en profitant de petites séquences vous plongeant au coeur même de sa fabrication. De nombreux modules, donnant successivement la parole aux réalisateurs, comédiens et autres protagonistes, de même de nombreux petits making of vous dévoilant au fil du métrage, les secrets de la conception de cet univers si riche. Une mine d'informations pour tout fan qui se respecte et qui se pose en superbe complément aux bonus de l'édition (même si de nombreux moments finissent par se montrer un rien redondant avec les autres bonus, que nous retrouvons par ailleurs sur les éditions SD.

Commentaires audio
Si les deux derniers films de la trilogie sont accompagnés de deux commentaires audio, ce premier opus en propose quatre et les fans seront heureux de retrouver celui qui jusqu'à présent restait exclusif à l'édition SD Zone 1, à savoir celui délivré par Carrie Ann Moss en compagnie du monteur Zach Staenberg et de John Gaeta (effets spéciaux). Par snobisme ou volonté de faire planer un quelconque mystère ou un culte à la limite de la prétention, les frères Wachoski ont décidé de ne pas se pencher à nouveau sur leur travail si ce n'est à travers une introduction écrite et en anglais. Une décision plus que regrettable puisque les bonhommes semblaient être les seuls à définitivement éclaircir un univers à la thématique encore trop sombre, et pourquoi pas se réconcilier avec leurs très nombreux détracteurs. Au lieu de cela la première piste de chaque disque donne la parole à deux philosophes dont un qui semble être soit parkinsonien, soit mal réveillé, ou venant d'absorber quelques produits illicites. Autant être clair : les compères ne nous apprendront absolument rien quand aux différentes thématiques du film et ne cesseront d'aller dans le sens des réalisateurs sans à aucun moment trouver le moindre défaut de narration ou de réalisation, ces derniers déclarant d'ailleurs avoir compris dès la première seconde du film qu'il auraient affaire à un monument du cinéma. Ce n'est plus de l'analyse, c'est carrément de la voyance. Une adoration manquant d'ailleurs d'objectivité puisque qu'ils ont participé en tant que conseillers sur la production des deux derniers épisodes. A cette condescendance s'ajoute une perpétuelle allusion à la bible qui, forcement, est la meilleure chose qui soit et donc le sujet idéal pour discuter des moeurs humains. Autre point négatif, et non des moindres, une certaine satisfaction de voir à l'écran certains personnages faisant usage de drogues que les commentateurs jugent comme étant des personnes plus clairvoyants que la plupart des ceux n'en utilisant pas. Entre partis pris personnels annoncés comme vérité absolue, masturbation intellectuelle inutile et blancs interminables, ce pénible commentaire achèvera définitivement son auditeur puisque dépourvu de sous-titres comme d'habitude chez Warner.
Absence de sous-titres également sur la seconde piste de commentaires, ce qui ne représente pas un réel manque non plus étant donné la durée interminable des blancs. Proposé par les frères Wachoski comme une démarche pour offrir l'opinion de gens n'ayant pas aimé le film (ridiculiser d'éventuels détracteurs ?), sont donc réunis ici trois célèbres critiques américains. Nous sommes finalement bien loin de remarques couillues cherchant à étaler les nombreux défauts de la saga puisque les bougres ne cessent de s'extasier devant la beauté des effets spéciaux (précisément de ceux qui sont réussis) et ne dénotent finalement que quelques incohérences ici et là, avouant préférer les poursuites et les scènes de combat viscérales de Terminator 3 ou de Jackie Chan plutôt que les envolées lyriques auxquelles la trilogie nous a habitué. S'ils ont sans doute raison sur ce point, ils ne contrediront jamais la "philosophie" de la série sans même essayer d'éclaircir les propos de personnages comme l'Oracle ou le Mérovingien. En bref, six longues heures de "J'aime bien", "C'est bien fichu" et "C'est pas mal", accompagnés de beaucoup de références cinématographiques populaires et connues de tous.
Enter the Matrix (42min24):
Les voici enfin les fameuses cinématiques tant attendues, créant le lien entre les différentes étapes du jeu vidéo Enter the Matrix, réunies ici au complet dans une petite section de trois quarts d'heure. Si l'on nous avait promis depuis longtemps que les saynètes en questions seraient réintégrées dans Matrix Reloaded pour qu'enfin la rumeur disparaisse au grand dam des amateurs de versions longues, on peut désormais se réjouir qu'elles n'y soient pas. Tout d'abord parce que sur un plan technique les scènes en question ne feraient pas le poids face au master du film, proposées en 2.35 certes, mais au format 4/3 en stéréo et en uniquement en VO. Ensuite parce que telles quels, ces dernières n'ont aucun intérêt d'être dans le film si les étapes "jouables" ne le sont pas également puisqu'il s'agit d'une véritable histoire avec de différents développements.
Enter The Matrix offrant la possibilité d'utiliser deux personnages, ces vidéos proposent des scènes en doublon qui auraient obligé les réalisateurs à en sacrifier une bonne partie au montage d'une éventuelle version longue. Il n'y a donc aucun regret de ne pas voir le deuxième volet de Matrix rallongé.
Enter the matrix crée tout d'abord le lien entre l'Animatrix Final Flight of the Osiris et entraîne Niobe (Jada Pinket Smith) à la recherche de la bande postée par l'héroïne du court métrage. Par la suite l'aventure poursuit parallèlement les événements de Matrix Reloaded tout en annonçant ceux qui surviendront dans Matrix Revolutions à travers quelques allusions ou apparitions. Une seconde lecture intéressante en soit d'un point de vue narratif, indispensable pour les fans, mais qui ne revêt tout son intérêt que dans le jeu vidéo en lui-même.
Enter The Matrix : Jeu vidéo (28mn13 - vost) se penche plus en profondeur sur la conception du jeu vidéo dont l'histoire complète celle de Reloaded. Une première dans le monde du cinéma, où 23 séquences ont été tournées spécialement pour ce jeu avec la même structure et les même acteurs que pour réaliser celles du film.
Les coulisses (46mn54 - vost)
La Matrice se déploie (5mn20 - vost) propose de découvrir succinctement le déploiement de l'univers à travers les court métrages de l'Animatrix et du jeu vidéo, pour lequel de nombreuses scènes inédites ont été tournées.
Pre-Production (22mn09 - vost)
Les quelques modules donnent la parole aux divers dessinateurs, créateurs de costumes et des décors. Le ton est forcement répétitif avec ce que l'on a pu voir mais les fans ne se plaindront d'avoir en leur possession le maximum de documents existant sur la saga.
La technologie Matrix (9mn46 - vost)
Ce module permet de voir que les réalisateurs contrôlent même l'aspect marketing du film, à savoir la conception des publicités autour de la trilogie, et même la conception des téléphones utilisés dans Reloaded.
Cette édition se clôt sur les habituelles bande-annonces (et autres Spots tv), une parodie hilarante réalisée pour les MTV awards et un clip vidéo.